Закони класичної генетики мають певні обмеження. Для виявлення законів Г. Менделя необхідні:

•  гомозиготність похідних форм;
• утворення у гібридів гамет всіх можливих типів у відповідних співвідношеннях, що забезпечується правильним протіканням мейозу;
• однакова життєздатність гамет всіх типів, рівна ймовірність зустрічі будь-яких типів гамет при запліднення;
• однакова життєздатність всіх типів гамет.

Порушення цих умов може призвести або до відсутності розщеплення у другому поколінні гібридів, або до викривлення співвідношення різних генотипів і фенотипів.

Всі менделівські закони справедливі лише у випадку повного домінування. Коли домінування буде неповним, то гетерозиготна форма матиме проміжний вигляд і потреби у аналізуючому схрещуванні не буде. Ще одним обмеженням є випадок, коли якісь ознаки успадковуються разом. У цьому випадку буде порушуватися закон незалежного успадкування. Існує група ознак, яка кодується значною кількістю генів. Це так звана полігенна спадковість. Зрозуміло, що у цьому випадку буде порушуватися закон чистоти гамет.

Незважаючи на існування окремих обмежень, закони спадковості, відкриті Г. Менделем, залишаються основними закономірностями природи.